Komplex operačných sál (KOS) nachádzajúci sa na I. a II. poschodí Pavilónu chirurgických disciplín vo FN Trnava bol zriadený v roku 2007. K oddeleniu sa organizačne pričlenilo Oddelenie centrálnej sterilizácie (OCS) nachádzajúce sa na prízemí pavilónu vedené spoločným primárom a v tejto koncepcii pracovalo až do roku 2019, kedy došlo k reorganizačným a štrukturálnym zmenám, v tomto čase sa oddelenia vedené spoločným primárom rozčlenili, došlo k premenovaniu pracoviska KOS na Centrálne operačné sály (COS) a k následným zmenám na úrovni vedúcich pracovníkov, organizácii a náplne práce oddelení.

COS je jednou z najzložitejších a najnákladnejších častí nemocnice, zabezpečuje možnosť aseptického operovania, diagnostiky a liečebných výkonov v nepretržitej resp. pohotovostnej prevádzke. Ako samostatná organizačná jednotka poskytuje komplexné služby operačným odborom FN v spolupráci s  chirurgickou, traumatologicko – ortopedickou, internou klinikou, ORL, urologickým a očným oddelením vrátane zázemia pre KAIM a ošetrovateľskú starostlivosť anestéziologickými sestrami. Obmedzené spektrum operačných výkonov v odbore gynekológia a pôrodníctvo sú realizované v prípade predpokladaného komplikovaného operačného výkonu vyžadujúceho si blízkosť KAIM s ktorou sú COS dispozične prepojené.